上海市教育科学研究院高等教育研究所（以下简称“高教所”）创建于1980年，经原上海市高等教育局批准成立，是全国最早建立的高等教育研究机构之一。1995年并入上海市教育科学研究院。所内除研究室、《中国高等教育评估》杂志编辑部、行政办公室、信息与技术保障室等机构外，还包括多个挂靠在本所的部市级研究中心或研究机构：教育部国际教育咨询与研究中心、上海市教育法制研究与咨询中心、上海市台湾教育研究中心、上海市教育史志办公室、上海市高校后勤社会化改革研究中心。

高教所是与复旦大学、上海交通大学、上海财经大学、上海理工大学等校建有研究生协同式培养关系的单位，有上述院校所聘研究生导师3人，联合培养硕士研究生11人；并与上海电机学院、上海商学院、复旦大学上海视觉艺术学院建有合作研究基地关系。高教所现在编人员18人，其中，研究员4人，副研究员4人，助理研究员6人。现有博士5人，硕士5人。

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